Ç.Mustafayev 29 avqust 1960-cı ildə Rusiyanın Həştərxan vilayətinin Vladimir rayonunun Kapustin-Yar qəsəbəsində hərbçi ailəsində anadan olub. 4 yaşında o, Bakıya köçüb, burada Yasamal rayonundakı 167 saylı orta məktəbi və Azərbaycan Tibb İnstitutunu bitirib.
Həkim olsa da, Çingiz jurnalistikaya maraq göstərib. 20 Yanvar hadisələrində o, Bakıda törədilən qırğınları lentə alıb. 1991-ci ildən Azərbaycan Televiziya və Radio Verilişləri şirkətində reportyor kimi çalışmağa başlayıb.
I Qarabağ müharibəsi dövründə Çingiz Mustafayev 8 ay ərzində 18 sənədli film çəkib. Bundan əlavə, o, səngərdə əsgər, zabit, hətta komandan kimi də fəaliyyət göstərirdi.
Ç.Mustafayev 15 iyun 1992-ci ildə Xocalı rayonunun Naxçıvanik kəndində çəkiliş zamanı mərmi qəlpəsindən həlak olub. Vaxtilə Bakıda yaşadığı binanın önündə Mustafayevin barelyefi vurulub.
