Zərifə Əziz qızı Əliyeva 28 aprel 1923-cü ildə Naxçıvan Muxtar Respublikasının Şərur rayonunun Şahtaxtı kəndində, dövlət xadimi Əziz Əliyevin ailəsində anadan olub.
Zərifə Əliyeva 1947-ci ildə Azərbaycan Dövlət Tibb İnstitutunun müalicə-profilaktika fakültəsini bitirib, sonra Moskvada Mərkəzi Həkimləri Təkmilləşdirmə İnstitutunda oftalmologiya üzrə ixtisaslaşdırma kursu keçib. 1950-1953-ci illərdə o, aspiranturanı bitirib.
Zərifə xanım Azərbaycan Elmi-Tədqiqat Oftalmologiya İnstitutunda elmi işçi, sonralar Əziz Əliyev adına Azərbaycan Həkimləri Təkmilləşdirmə İnstitutunda göz xəstəlikləri kafedrasının dosenti, professor, görmə orqanının peşə patologiyası laboratoriyasının müdiri, oftalmologiya kafedrasının müdiri vəzifələrində çalışıb.
1977-ci ildə Zərifə Əliyeva tibb elmləri doktoru alimlik dərəcəsini alıb. O, vaxtilə Azərbaycanda geniş yayılmış traxomanın və başqa növ göz xəstəliklərinin öyrənilməsi, profilaktikası və müalicəsinə dair bir çox tədqiqatlar aparıb.
Akademik 12 monoqrafiyanın, 150-yə yaxın elmi işin, dərslik və dərs vəsaitinin müəllifidir. Elmi nailiyyətlərinə görə Zərifə Əliyeva 1981-cı ildə oftalmologiya sahəsində ən yüksək mükafata - SSRİ Tibb Elmləri Akademiyasının akademik M.İ. Averbax adına mükafatına layiq görülüb. O, həmin mükafata layiq görülən ilk qadın hesab olunur.
Zərifə Əliyeva 15 aprel 1985-ci ildə Moskva şəhərində xərçəng xəstəliyindən vəfat edib və Novodeviçye qəbiristanlığında dəfn olunub. 1994-cü ildə akademikin cənazəsi Bakıya gətirilib və Birinci Fəxri xiyabanda dəfn olunub.