Bakı toponiminin qədimliyi haqqında məlumatlardan birinə, ingilis arxeoloq Viliam Flinders Pitrinin kitabında rast gəlmək olar. Deyilənə görə, Bakı sözü, e.ə. III minilliyinə aid Misir mifologiyasında əksini tapmış, “Bakhav” toponiminindən əmələ gəlib. Sözün kökü olan “Baka” — “Günəşin doğulduğu yer” və ya “Səhər şəfəqi” deməkdir.
İran tarixçisi Əhməd Kəsrevi VII-VIII əsrin yazıçılarının məlumatlarına əsaslanaraq, “Bakı”-nın “Baqavan” (Baqa-Allah, an və van-məkan) fars sözündən əmələ gəldiyinə inanır və bu sözün mənasını “Allahın şəhəri” və ya “Allahın yeri” olaraq izah edirdi. Tarixçiyə görə, şəhər, atəşpərəstlərin əsas məbədlərindən birinin burada yerləşdiyi üçün belə adlandırılmışdır. “Baquan”, “Atşi (atəşi) Baqavan” və ya “Atşi Baqvan” kimi versiyalara da rast gəlmək olar.
XVI-XVII əsrlərdən başlayaraq bəzi fars mənbələrdə “Bakı”-nın yeni “Badi Kubə” yazı forması ortaya çıxmışdır. Söz, farsca “bad” (külək, yel) və “kubidan” (vurmaq, zərbə yetirmək) sözləriylə açıqlanır, tərcümədə “Küləklər şəhəri” mənasını verir.
Coğrafiya elmləri doktoru Budaq Budaqov iddia edirdi ki, şəhərin adı lak dilinin “baki” (təpə) sözündən əmələ gəlir. “Təpə” mənasında qədim türkcədə də “baqu” sözü mövcuddur. Bu hipotezə görə, Bakı təpələr üstündə salındığından, şəhərin də adı bu sözdən götürülmüşdür.
Bəziləri, bu toponimi eramızın VII əsrində, bu ərazidə yaşamış “bakan” tayfası ilə əlaqələndirir. Bəziləri isə “Bakı” sözünün ərəbcə “sonsuz”, “əbədi”, “qalan”, “varlığı daim olan”, türkcə isə “toxunulmaz” və “müqəddəs” anlamını verən “Bakıy” etnonimindən əmələ gəldiyinə inanır.
