Bakılı II Mirzə Məhəmməd xan tarixdə Mirzə Məhəmməd xan Sani (ikinci) kimi tanınmışdır. Taxta keçəndə 11 yaşı vardı. Xanlığı idarə etmək işində qubalı Fətəli xan ona qəyyum təyin edilmişdi.
1789-cu ildə qubalı Fətəli xanın ölümündən sonra Bakı xanlığı daxilində ixtilaf başlanır. Bu işdə atasının yerinə keçmiş qubalı Əhməd xanın rolu olur. Bakı xanlığının neft quyularından və duz yataqlarından alınan böyük gəlirdə gözü olan Əhməd xan Mirzə Məhəmməd xanın qardaşı Məhəmmədqulu ilə gizli danışıqlar aparır. Məhəmmədqulu Əhməd xana köməyi qarşısında böyük mükafat verəcəyini vəd edir. [Qılman İlkin. Köhnə Bakını tanıyırsanmı. Bakı-2004]
1791-ci ildə Əhməd xan öz qoşununun bir hissəsini Salyana göndərmək adı ilə Bakı qalasının yaxınlığında pusquda saxlayıb gözləyir. Gecə hamı yuxuda ikən Məhəmmədqulu bəyin şəhərdəki adamları qala mühafizəçilərinə hücum edib, darvazanı açırlar və qoşun içəri dolur. Şəhər mühafizəsinin əsgərləri ilə Əhməd xanın qoşunu arasında əlbəyaxa döyüş başlanır. Lakin Məhəmmədqulunun adamları şəhərdəki əsas istehkamları əvvəlcədən tutduqları üçün döyüşdə qalib çıxırlar. Beləliklə, Məhəmmədqulu özünü xan elan edir, Mirzə Məhəmməd isə ailəsi ilə birlikdə Qubaya sürgün olunur. Qubada Fətəli xanın kiçik oğlu Şeyxəli xan Mirzə Məhəmmədi himayəsi altına alır, hətta ona torpaq sahəsi də ayırır.
Lakin Məhəmmədqulu xan Əhməd xana verdiyi vədi yerinə yetirmir. Əhməd xan peşman olur və bu dəfə Mirzə Məhəmmədə qoşun verib, onu Məhəmmədqulu xanın üstünə göndərir. Qoşun Qala divarlarına yaxınlaşdıqda Məhəmmədqulu xan şəhər əhlinin ona xəyanət edə biləcəyini düşünüb, xəzinənin qapılarını açır və camaata qiymətli hədiyyələr paylayır. Onun belə səxavətindən razı qalan bakılılar şəhəri qorumaqda ona yaxından kömək edirlər. Mirzə Məhəmməd xan məqsədinə nail olmayaraq, Qubaya qayıtmağa məcbur olur. [Bakıxanov Abbasqulu ağa. Gülüstani-İrəm. Bakı-2000]
Həmin il qubalı Əhməd xan ölür və yerinə kiçik qardaşı Şeyxəli xan keçir. Onun birinci təşəbbüsü Bakı xanlığını həqiqi varis olan Mirzə Məhəmməd xana qaytarmağa çalışması olur. Bu məqsədlə o, Bakı üzərinə qoşun yeridir. Məhəmmədqulu xanla Mirzə Məhəmməd xan Sani Bakı xanlığını iki hissəyə bölmək barədə razılığa gəlirlər. Xanlığın gəliri iki hissəyə bölünsə də, əsas hakimiyyət Məhəmmədqulu xanın əlində qalır. [Qılman İlkin. Köhnə Bakını tanıyırsanmı. Bakı-2004]
