Bakıda zooparkın yaranması XX əsrin əvvəllərinə təsadüf edir. 1923-cü ildə Bakıda ilk özəl heyvanxana fəaliyyət göstərib. 14 dekabr 1928-ci ildə keçmiş Lunaçarski (indiki Nizami) parkı ərazisində yerləşən Bioloji stansiyanın bazasında zooloji bağ açılıb. [Cavadov Z. Bakı şəhər heyvanat parkının 90 illik yubileyi// qəz. Respublika.- 2018.- 16 dekabr.- S.8.]
İkinci Dünya müharibəsi illərində zooloji bağ Rusiyadan Bakıya köçürülmüş Rostov Zooparkı ilə birləşdirildi. 2 yanvar 1942-ci ildə buraya “Zooloji park” adı verilib. Bu tarix Bakıda zooparkın yaranma tarixi hesab edilir. Zoopark 1958-ci ilə qədər Bakı Dəmir Yolu Vağzalının yaxınlığında yerləşirdi. [Запарка вокруг зоопарка// газ. Вышка №17 от 4 мая 2001 года] [https://planetofhotels.com/guide/ru/azerbaydzhan/baku/bakinskiy-zoopark]
1950-ci illərin sonlarında Bakı Zooparkı Bayıla köçürüldü. Həmin illərdə Bakı Zooparkı ən yaxşı saxlanma şəraiti ilə seçilirdi. Tanınmış rus zooloqu Nikolay Drozdov zoopark haqqında öz xatirələrində bu sözləri qeyd etmişdir: “Bakıda yeni zooparkın salınması xəbəri bizi sevindirdi. Onun üçün zərif bir təpənin meşəlikli və rahat yamacında yaxşı bir yer seçildi… Zooparkda sakitlikdir, burada böyük şəhərin səsi, demək olar ki, eşidilmir. Və bu, çox vacibdir - çünki səs-küy heyvanları narahat edir. Heyvanlar üçün qəfəslər və volyerlər genişdir. Elə yerlər var ki, orada dincəlirlər, pis havada gizlənirlər... Eyni zamanda bitki örtüyü qorunub saxlanılır. Belə zooparkda özünüzü yaxşı hiss edirsiniz. Heyvanların zahiri görünüşünə görə, onlar da buranı bəyənirlər”. [Бакинский Зоопарк — OurBaku] [https://biography.wikireading.ru/29915]
1970-ci ildə zooparkda artıq heyvanlar üçün 90 yer var idi və hər il 150 minə yaxın insan onu ziyarət edirdi. Burada Dağıstan turu, çöl qartalları, Sultan toyuğu kimi nadir heyvan növü mövcud olub. Lakin 1970-ci illərin ortalarında Bayılda baş verən çökmə nəticəsində aslan və ayının ölümündən sonra şəhər hakimiyyəti zooparkı başqa bir yerə köçürməyi qərar verib. [Бакинский Зоопарк — OurBaku] [Запарка вокруг зоопарка// газ. Вышка №17 от 4 мая 2001 года]
1985-ci ildə zoopark indiki Bakıxanov qəsəbəsində yerləşirdi. Lakin həmin zaman indiki Nərimanov rayonu ərazisində yeni zooparkın təmir işləri gedirdi. 1985-ci ildə yeni Zoopark ictimaiyyətin istifadəsinə verilmişdir. [Запарка вокруг зоопарка// газ. Вышка №17 от 4 мая 2001 года]
2019-2021-ci illərdə Bakı Zooloji Parkında təmir-tikinti işləri keçirilib. Hazırda isə zoopark ziyarətçilərin üzünə açıqdır.
