Bir vaxtlar Bakıda, indiki Bayıl qəsəbəsində, Bayraq Meydanının ərazisində kilsə yerləşirdi. Bu məbədin rəsmi adı “Bayılda Moskva mitropoliti Müqəddəs Aleksi adına Bakı hərbi limanının kilsəsi” idi. Xalq arasında isə buraya “Liman Kilsəsi”, “Alekseyevskaya” və ya “Bailovskaya” deyilirdi.
Bayıl burnunda məbədin tikintisi ilə bağlı ilk təkliflər 1860-cı illərdə edilir və dəniz işçiləri tərəfindən dəstəklənir. Bu zamanlar Bayılda hərbi limanın tikintisi ilə əlaqədar zabitlərin əksəriyyəti Bayıla köçürülür və onlar Bakı kilsələrinə uzun yol getmək məcburiyyətində qalırlar. Liman kilsəsi kontr-admiral Aleksandr Davıdovun təşəbbüsü ilə memar Pavel Samoylovun layihəsi əsasında inşa edilir. Kilsənin bünövrəsi 1868-ci ildə qoyulur. Təməlqoyma mərasimində knyaz Aleksey Romanov iştirak edir. Tikinti işləri 1871-ci ildə tamamlanır. [История церквей и приходов Бакинской губернии. (1815-1905 гг.). Баку-1906]
Məbədin binası daşdan inşa edilmişdir və qəhvəyi rəngə boyanmışdır. G.A.Tsitoviç “Ordu və Donanma məbədləri” əsərində Liman kilsəsini belə təsvir edir: “Məbəd köhnə sütunlu daş hasarla əhatə olunmuşdur. Sütunlar ağızları aşağı çevrilmiş və zəncirlərlə birləşdirilən toplar idi. Silahlar və zəncirlər Həştərxan limanının ləğv edilməsindən sonra qalıb. Ehtimal etmək olar ki, ağızları aşağı olan toplar mənəviyyatın dünyəvilikdən üstünlüyünü əks etdirir. Kilsənin yaxınlığında Admiralteyskiy adında bir meydan salınıb. Kilsə çox gözəl alınıb”.
[Цитович Г.А. Храмы армии и флота. Пятигорск-1913]
Kilsənin tutumu 500-dən 1000 nəfərə qədər təşkil edirdi. Təsvirlərə görə, buranın üstü daş oymalarla bəzədilmiş üç girişi var idi. Port kilsəsi üçün xüsusi olaraq çəkilmiş ikonalarla yanaşı, müxtəlif insanlar tərəfindən məbəd üçün bağışlanan qiymətli qədim ikonalar mövcud olub. [Кавказский календарь на 1869 год]
Bayıl liman kilsəsi dəniz işçiləri, xristian və müsəlman əhali tərəfindən ziyarət edilirdi.
Məbəd 1930-cu illərə qədər fəaliyyət göstərib. Sovet dövründə dinə qarşı mübarizə çərçivəsində kilsə əvvəl bağlanıb, sonra isə sökülüb. Onun yerində 1934-cü ildə memar Ter-Saakov tərəfindən 49 saylı məktəb inşa edilib. [https://azerhistory.com/?p=9915]
